【町田市の税理士が解説】グループ通算制度の基礎①：制度の全体像と導入の背景

1.グループ通算税制とは何か（制度の目的）

簡単に言うと、「100％親子関係にある会社同士で、黒字と赤字を通算して課税する仕組み」のことです。

(1).連結納税制度の課題

以前の「連結納税制度」は、グループ全体をひとつの大きな会社としてまとめて申告する方式でした。しかし、これには大きな弱点がありました。

• 親法人の負担が重すぎる
  グループ全社の情報を親法人が一括で管理・計算しなければならず、作業が膨大でした。
• 一箇所のミスで全員やり直し
  グループ内の一社に税務調査で修正が入ると、グループ全社で再計算と修正申告が必要になるという、非常に過酷なルールだったのです。

(2).BEPS・国際潮流との関係

近年、国際的な課税ルール（BEPSなど）では、企業グループ間での課税の中立性や公平性がより厳格に求められています。経済社会の構造変化に対応し、複雑な仕組みを簡素化することで、より多くの企業が公平にグループ経営のメリットを享受できるように再構築されたのがこの制度です。

(3).「個社課税 × グループ調整」という新しい考え方

グループ通算制度の最大の特徴は、「申告は各社バラバラで行う（個社課税）」一方で、「損益通算などの計算だけはグループでまとめて調整する」という「いいとこ取り」をした点にあります。

2.グループ通算制度の基本構造（個社課税ベース）

(1).個別申告方式への回帰

連結納税制度とは異なり、親法人も子法人も、それぞれが納税単位として法人税の申告・納付を自分で行います。これにより、各法人の納税責任が明確になり、親法人への事務負担の集中が緩和されました。なお、この申告は通算法人全社電子申告（e-Tax）が義務化されているのが注意点です。

(2).グループ通算所得の計算イメージ

計算の肝となるのは、黒字（所得）と赤字（欠損）の相殺です。 例えば、親法人が200の黒字、子法人が100の赤字を出した場合、これらを相殺して、グループ全体で100の利益に対して税金を計算することができます。

(3).グループ通算税額の算定フロー

3.適用要件とグループの範囲

(1).通算親法人とはなれない法人

グループ通算制度のリーダーになれるのは、原則として日本の「普通法人」か「協同組合等」だけです。しかし、以下の条件にひとつでも当てはまると、通算親法人にはなれません。

1. 「おわり」が始まっている法人（清算中・破産中）

• 清算中の法人
  会社をたたむ準備をしている法人は、継続的なグループ調整には向かないため除外されます。
• 破産手続開始の決定を受けた法人
  経営破綻して手続き中の法人も、親法人（および子法人）にはなれません。

2. すでに「他のボス」がいる法人（国内の完全支配関係）

• 他の国内法人に100％支配されている法人
  原則として、企業グループの最上位にある法人しか親法人になれません。ただし、自分の上にいるのが「外国法人」であれば、その下の日本法人が親法人としてグループを作ることは可能です。

3. 「税務上のルール」を最近破った、あるいはやめた法人

• 青色申告の承認を取り消されて5年以内
  この制度は青色申告が前提の高度な仕組みなので、過去5年以内に「イエローカード（取消し）」を受けた法人は出入り禁止です。
• 青色申告を自分からやめて1年以内
  任意でやめた場合も、1年間はリーダーになれません。
• グループ通算制度を自分からやめて5年以内
  一度「やっぱりやめます」と離脱したグループは、5年間は再チャレンジが認められません。

4. 特殊なハコモノ法人

• 投資法人
  投資信託などのための法人は対象外です。
• 特定目的会社（SPC）
  資産の流動化のための法人も親法人にはなれません。
• 受託法人
  法人課税信託を引き受けている法人もNGです。

参照：国税庁　通算親法人となることができる法人

(2).通算子法人となることができる法人

1. 通算子法人になれる法人の「絶対条件」

グループ通算制度において、子法人の枠に入れるのは、原則として「通算親法人との間に完全支配関係がある内国法人」だけです。

ここでいう完全支配関係とは、親法人がその法人の発行済株式等の全部（100％）を直接、または間接に保有している状態を指します。

• 直接の100％保有
  親法人が子法人の株を100％持っている。
• 間接の100％保有
  親法人が100％子会社Aを持ち、そのA社がB社の株を100％持っている場合、B社も親法人の通算子法人になれます。

ただし、この100％のラインは非常に厳格で、99％では適用されません。また、この関係は株式の保有という「金銭的な支配」に基づいている必要があります。

2. 「子法人」になれるのは「普通法人」だけ！

ここが親法人との大きな違いです。 通算親法人は「普通法人」のほかに「協同組合等」もなることができますが、通算子法人になれるのは、原則として「普通法人」に限られます。

したがって、収益事業を行っている協同組合や公益法人などは、グループの「子」として通算グループに加わることはできません。

3. 【要注意】通算子法人になれない「除外リスト」

グループ通算制度において、子法人の仲間入りができない法人は「通算除外法人」と呼ばれます。具体的には、以下の条件にひとつでも当てはまる法人が対象です。

1. 税務上の「信頼ルール」に抵触した法人

この制度は適正な帳簿管理（青色申告）が前提となっているため、過去の素行が厳しくチェックされます,。

• 青色申告の承認を取り消されてから5年を経過していない法人。
• 青色申告を自分からやめてから1年を経過していない法人。
• グループ通算制度（または旧連結納税）を自らやめてから5年を経過していない法人。

2. 法人の「形態」や「状態」による制限

そもそもグループでの損益通算になじまない性質の法人は除外されます。

• 普通法人以外の法人（※通算親法人は協同組合等もなれますが、子法人は普通法人に限定されます）。
• 破産手続開始の決定を受けた法人,。
• 清算中の法人（一定の場合を除きます）。
• 投資法人や特定目的会社（SPC）。
• 法人課税信託を引き受けている受託法人。

3. 「再加入制限」に引っかかっている法人

一度グループを抜けた法人が、すぐに戻ってくることはできません,。
株式売却などで通算グループを離脱した法人が、再び100％関係になったとしても、離脱日から5年を経過する日の属する事業年度終了の日までは再加入できません,。

4. 【重要】「100％の鎖」が途切れている法人

親会社と子会社の間に、以下の法人が1株でも介在している場合、その下の孫会社などは通算グループに入ることができません,。

• 外国法人が間に入っている場合（例：日本親会社 → アメリカ子会社 → 日本孫会社）。
• 上記の「通算除外法人」が間に入っている場合。

参照：国税庁　通算子法人となることができる法人

(3).完全支配関係と通算完全支配関係の意義

1. 完全支配関係とは？（100％の定義）

まず基本となる「完全支配関係」を一言でいうと、「一の者が、ある会社の株を100％持っている状態」のことです。

ここでいう「一の者」には、会社（法人）だけでなく、私たちのような「個人」も含まれます。具体的なパターンは以下の通りです。

• 直接の100％保有
  親会社が子会社の全株式（自己株式を除く）を持っている状態。
• 間接の100％保有
  親会社が100％子会社Aを持ち、そのA社がB社の株を100％持っている場合、親会社とB社の間にも完全支配関係があるとみなされます。
• 兄弟会社の関係
  同じ親会社に100％支配されている子会社同士も、お互いに完全支配関係にあります(同一の者による完全支配関係にある兄弟会社)。

なお、従業員持株会や役員への新株予約権などで、5％未満のわずかな株式を一定の者が持っている場合は、実務上「100％保有」とみなして計算できる特例もあります。

2. 通算完全支配関係とは？

次に、今回の本命である「通算完全支配関係」です。これは、グループ通算制度において「実際に損益を通算できるグループの範囲」を決めるための、より厳格な定義です。

「完全支配関係」のうち、以下の2つの「不純物」が一切混じっていない関係だけが「通算完全支配関係」と呼ばれます,。

1. 外国法人が介在していないこと
   日本国内の法人同士であっても、間に海外の会社が1株でも挟まっていると、その瞬間に鎖が途切れます,。
2. 通算除外法人が介在していないこと
   投資法人や特定目的会社（SPC）などがグループの間に挟まっている場合も、それより下の会社とは通算ができません。

つまり、「純粋に日本の普通法人だけで繋がった100％の鎖」だけが、この通算完全支配関係となれるのです。

3. 実務で超重要！「完全支配」なのに「通算」できないケース

ここが一番の落とし穴です。以下の図のようなケースを想像してみてください。

• ケースA：日本親法人 ➡ アメリカ子会社 ➡ 日本孫法人
• ケースB：日本親法人 ➡ 投資法人 ➡ 日本子法人

これらのケースでは、親法人と一番下の法人の間には、税法上の「完全支配関係」はあります。しかし、間に「外国法人」や「除外法人」が挟まっているため、「通算完全支配関係」とは認められません。

その結果、一番下の法人はグループ通算制度の仲間（通算法人）にはなれず、赤字と黒字を相殺することもできません。

4. なぜこの区別が必要なの？

最後に、なぜこんなに細かく分かれているのか、その理由を整理します。

1. 適用の判定：グループ通算制度は「通算完全支配関係」があるすべての法人に強制的に適用されます。
2. 計算の単位：損益通算や欠損金の計算は、この「通算完全支配関係」の範囲内だけで行われます。
3. 連帯責任：グループの誰かが税金を滞納したときの「連帯納付責任」も、この範囲内の法人同士で負うことになります。

この「通算完全支配関係」を1社でも判定ミスすると、グループ全体の税額計算がガラガラと崩れてしまいます。M&Aなどで新しい会社を迎え入れる際は、この「鎖の繋がり」を必ず顧問税理士と一緒にチェックしてくださいね。

参照：国税庁　完全支配関係と通算完全支配関係の意義

4.グループ通算制度開始・途中加入・離脱の扱い

(1). グループ通算制度を始めるための手続きとスケジュール

グループ通算制度は、勝手に始まるものではありません。「自分たちで選ぶ（選択制）」制度です。

①承認申請の期限（3ヶ月前ルール）

制度を適用しようとする最初の事業年度が開始する日の3ヶ月前の日までに、申請書を提出しなければなりません。
提出先は、通算親法人の納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出することとされております。

• 具体例： 3月決算の会社が、翌年4月1日から通算制度を始めたい場合、「12月31日まで」に申請が必要です。

②全員合意の「連名」申請

申請は、親法人とすべての子法人の連名で行います。一人でも欠けると申請は却下される可能性があるため、グループ全体の足並みを揃えることが不可欠です。

③「みなし承認」という安心感

申請書を出した後、事業年度開始の日の前日までに国税庁から「ダメです」という却下通知がなければ、自動的に承認されたものとみなされます。これを「みなし承認」と呼び、実務上の安心材料となっています。

(2). M&Aや売却で会社が入れ替わるとき（加入・離脱）

通算グループは一度作ったら終わりではありません。新しい会社を買収したり、子会社を売却したりすることもありますよね。

①加入：いつから仲間に入れる？

原則として、「100％グループ関係になった日（加入日）」から仲間入りします。

• 具体例： Ｘ１年10月1日に買収して100％子会社にした場合、その日から通算グループに入ります。

②加入時期の特例（事務負担の軽減）

「月の途中で加入すると、その中途半端な期間の決算が面倒だ！」という声に応える特例があります。 一定の書類を提出することで、「買収した日の属する会計期間の翌期首」を加入日にすることができます。これにより、既存の決算サイクルを崩さずに合流できるのです。

参照：国税庁　会計期間の中途で通算制度に加入する法人の加入時期の特例

③離脱：いつ抜ける？

株式を売却するなどして、100％の関係がなくなった日が「離脱日」となります。 離脱した法人は、離脱日の前日をもって事業年度が終了したものとみなされます。

• 具体例：Ｘ１年 10月1日に株を売却した場合、9月30日で一旦決算を締めることになります。

(3). 加入・離脱時の「時価評価」という関門

以前の「連結納税制度」と同様に、通算制度への加入・離脱時に時価評価資産を有している一定の法人は、その時価評価試算につき、時価評価を行うというルールがあります。

①加入時：時価評価を要しないケースも

通算法人がその通算法人に係る通算親法人による完全支配関係がある法人を設立した場合におけるその法人や、通算法人を株式交換等完全親法人とする適格株式交換等に係る株式交換等完全子法人などが、時価評価を要しない法人に該当します。

②離脱時：租税回避を防ぐための時価評価

一方で、離脱する会社については、一定の要件（主要な事業が継続されない場合など）に当てはまると時価評価が必要になります。これは、グループ内で利益調整をしてから会社を外に出す、といった節税（租税回避）を防ぐためのルールです。

5.連結納税制度とグループ通算制度との比較（まず押さえるべき違い）

比較項目	連結納税制度 (旧)	グループ通算制度 (新)
申告・納税方式	親法人がまとめて申告・納税	各法人が個別に申告・納税
修正・更正の影響	グループ全体に波及（全員やり直し）	原則、ミスした会社だけで完結
電子申告	任意（規模による）	全社必須

(1).欠損金の扱い

連結納税では親法人の過去の赤字もグループ全員の利益から引けましたが、グループ通算制度では、親法人の開始前赤字は「特定欠損金」として、原則として親法人自身の利益からしか引けないという少し厳しいルールに変わりました。

(2).申告書の作成負担の変化

「親法人が全員分を抱え込む」スタイルから「各社で分担する」スタイルに変わったため、親法人の負担は大幅に軽減されました。一方で、子法人の担当者も制度を理解して自分の分を申告する必要があるため、グループ全体での知識共有がカギとなります。

6.まとめ：基礎①で理解すべき“3つの軸”

グループ通算制度を理解するための「3つの軸」はこれです！

1. 「個別申告」：申告と納税は各社が自分で行うのが大原則！

2. 「損益通算」：それでも計算上はグループの利益と赤字をシェアして節税できる！

3. 「遮断措置」：誰かが間違えても他の会社に迷惑がかからない、クリーンな仕組み！

この3つさえ押さえておけば、グループ通算制度の基礎は完璧です。