【町田市の税理士が解説】個人の譲渡所得の税負担を軽減できる特例制度について：居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除（措法35条1項）編

1.譲渡所得のおさらい(基礎)

資産の売却を検討される際に、まず押さえておくべき「原則的な譲渡所得の概念、計算式、および税率」について、プロの視点から分かりやすく解説します。

1. 譲渡所得の基本概念

譲渡所得とは、土地、建物、株式、ゴルフ会員権などの資産を売却することによって生じる所得を指します。 単に資産を現金化した金額のすべてに課税されるわけではありません。「その資産をいくらで手に入れ、いくらで売ったか」の差額、つまり売却によって得られた「儲け（利益）」に対して税金がかかる仕組みです。

2. 原則的な計算式

譲渡所得の金額は、以下の計算式で算出します。

譲渡所得 ＝ 収入金額（売却代金） － ( 取得費 ＋ 譲渡費用 ) － 特別控除額

それぞれの項目の内容は以下の通りです。

• 収入金額
  売却によって受け取る代金です。これには、固定資産税・都市計画税の精算金として受け取った金額も含まれます。
• 取得費
  その資産を買い入れた代金や、購入時に支払った仲介手数料、登記費用などの合計額です。建物の場合は、所有期間中の減価償却費（価値の減少分）を差し引く必要があります。なお、実際の取得費が不明な場合は、売却価格の5%を取得費（概算取得費）とすることも認められています。
• 譲渡費用
  仲介手数料、印紙代、測量費、借家人への立退料、建物解体費など、売却するために直接かかった費用です。
• 特別控除額
  今回の記事のテーマであるマイホーム売却時の「3,000万円特別控除」など、一定の要件を満たす場合にのみ利益から差し引ける、非常に強力な節税枠です。

3. 原則的な税率

譲渡所得は、他の所得と合算せず個別に税額を計算する「申告分離課税」が適用されます。税率は資産の種類や所有期間によって以下のように分類されます。

不動産（土地・建物）の場合

不動産は、売却した年の「1月1日時点」での所有期間によって税率が倍近く変わります。

区分	所有期間（譲渡年の1月1日時点）	税率
長期譲渡所得	5年を超える	20.315%（所得税(復興含む)15.315%・住民税5%）
短期譲渡所得	5年以下	39.63%（所得税(復興含む)30.63%・住民税9%）

※所有期間が10年超の特例：所得税率10％を適用でき、復興特別所得税、住民税を合わせると14.21％となります。
なお、6,000万円を超える部分は20.315%となります。（租税特別措置法第31条の３）

株式等の場合

原則として、所有期間に関わらず一律で20.315%（所得税 (復興含む)15.315% ＋ 住民税 5%）です。

• ミニマムタックス（2025年1月〜）：超富裕層を対象に、多額の譲渡益（控除後3.3億円超）がある場合、所得税率が最大22.5%（住民税込みで27.5%）まで引き上げられる新制度が導入されております。

2.居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例制度の概要と計算

「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例（3,000万円特別控除）」は、マイホームを売却して得た利益（譲渡所得）から、最大3,000万円を控除できる税制上の優遇措置です。この制度を利用することで、譲渡所得税の負担を大幅に軽減、あるいはゼロにすることが可能になります。

具体的には、不動産を売却した際の売却金額から、取得費（購入時の代金など）と譲渡費用（仲介手数料など）を差し引いた金額を「譲渡所得」と呼び、通常これに対して所得税と住民税が課税されます。この特例を適用すると、計算式は以下のようになります。

• 課税される譲渡所得金額 ＝ 譲渡価額 －（取得費 ＋ 譲渡費用）－ 特別控除3,000万円

つまり、譲渡価額から取得費や譲渡費用を差し引いた金額が3,000万円以下であれば、課税対象額がゼロとなり、税金はかからないことになります。

3. 特例を受けるための主な要件

「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」を適用するためには、主に資産の種類、譲渡の期限、人的関係、他制度との関係という4つの側面から要件を満たす必要があります。

以下に、具体例を交えながら詳しく解説します。

1. 売却する資産に関する要件

この特例は、原則として自分が住んでいるマイホームを売ることが前提です。

• 居住の実態があること

単なる住民票の有無ではなく、生活の拠点として利用している必要があります。
【具体例】：仕事の都合で単身赴任をしていても、配偶者等が住んでおり、事情が解消すれば戻る予定の家であれば「居住用」と認められます。

• 家屋を取り壊して土地を売る場合

家屋を取り壊した後の土地の売却でも、以下の条件をすべて満たせば適用可能です。

1. 家屋の取り壊しから1年以内に土地の譲渡契約を締結すること。
2. 住まなくなった日から3年目の年末までに売却すること。
3. 取り壊し後にその土地を貸駐車場など別の用途に供していないこと。

参照：国税庁タックスアンサー　No.3320 マイホームを取り壊した後に敷地を売ったとき

• 店舗併用住宅の場合

居住用部分のみが控除の対象です。
【具体例】：居住部分が全体の90%以上を占める場合は、建物全体を居住用とみなして特例を受けられます。

2. 譲渡の期限に関する要件（3年目の年末ルール）

現在住んでいる家だけでなく、以前住んでいた家でも売却できますが、期限があります。

• 譲渡の期限

その家に住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却しなければなりません。
【具体例】：2022年3月に引っ越した場合、2025年12月31日までに売却（引き渡し）を完了させる必要があります。

3. 買主（売却先）に関する要件

売手と買手が近い関係にある場合、この特例は受けられません。

• 特別な関係の除外

買主が親子や夫婦、直系血族、生計を一にする親族、内縁関係者、同族会社などである場合は適用外です。
【具体例】：他人に売るのではなく、自分の子供や、自分が経営する会社に売却した場合には、要件を満たしません。

4. 他の制度や過去の利用に関する制限

この特例は、他の税制優遇策との「食い合わせ」に注意が必要です。

• 3年に1度の制限

売却した年の前年、前々年にこの特例や「特定の居住用財産の買換え特例」「譲渡損失の損益通算・繰越控除」を受けていないことが条件です。

• 住宅ローン控除との併用不可

新居で住宅ローン控除を受けようとする場合、旧居の売却で3,000万円特別控除を受けると、入居した年の「前年・前々年」から「翌年・翌々年・3年後」までの計6年間は住宅ローン控除が受けられなくなります。
【注意点】：譲渡所得（利益）が大きく所得税額が高くなる場合は3,000万円特別控除が有利ですが、利益が少ない場合は新居の住宅ローン控除を優先したほうが得になるケースがあります。

4. 特例が適用されないケース（適用除外）

「居住用財産の3,000万円特別控除」は、マイホーム売却時の大きな節税手段ですが、要件を満たしているように見えても特定の状況下では「適用除外」として特例が受けられないケースが厳格に定められています。

上記3の適用要件の裏返しとなりますが、以下に、適用されないケースを具体例とともに確認していきましょう。

1. 居住実態が「仮初め」である場合

この特例は、あくまで「生活の本拠」として使用していた家屋の売却を支援する制度です。そのため、以下のようなケースは対象外となります。

• 特例を受けることだけを目的とした入居
  節税のためだけに一時的に住民票を移したり、短期間入居したりしたと認められる場合です。判例では、電気・ガス・水道の使用量が極端に少ないことや、入居目的が特例適用のためであるとの供述に基づき、適用が否定された事例があります。
• 一時的な目的での入居
  マイホームを新築する期間中の仮住まいとして利用した家屋や、その他一時的な目的で入居した家屋は、どれほど長く住んでいても「生活の本拠」とはみなされず適用できません。
• 別荘や趣味のための家屋
  主として趣味、娯楽、保養を目的として所有する別荘やセカンドハウス、アトリエなどは、居住用財産には該当しません。

2. 売却先が「特別な関係」にある相手の場合

第三者への売却が前提であり、親族間売買などは厳格に排除されています。

• 親族等への売却
  配偶者、直系血族（父母・祖父母・子・孫）、および生計を一にする親族への売却には適用できません。
• 売却後も同居を続ける親族
  家屋を売却した後に、その家屋で売主と一緒に住む親族（叔父・叔母など）が買い手である場合も対象外です。
• 内縁関係や同族会社
  婚姻届を出していないが事実上の婚姻関係にある者（内縁関係者）や、売主が支配している同族会社などへの売却も認められません。

3. 他の特例との併用や利用頻度の制限

過去の申告状況や、買い換え先の住宅での税制利用も影響します。

• 「3年に1度」の制限
  売却した年の前年および前々年に、この特例や「マイホームの買換え特例」「譲渡損失の損益通算・繰越控除」などの適用を受けている場合は、重ねて受けることはできません。(もちろん売却した年もダメです。)
• 住宅ローン控除との選択
  新居で住宅ローン控除を受けようとする場合、旧居の売却で3,000万円特別控除を受けると、入居した年の「前年・前々年」から「翌年・翌々年・3年後」までの計6年間は住宅ローン控除が受けられなくなります。
  売却益が100万円程度と少なく、新居のローン残高が3,000万円以上あるようなケースでは、特別控除を使うよりも住宅ローン控除を優先した方が、長期的な節税額が大きくなる（得をする）ことがあります。

4. 物件の状態や所有状況に関する制限

• 投資用物件や未利用物件
  最初から投資目的で購入した物件や、居住せず放置していた未利用物件は対象外です。
• 家屋取り壊し後の用途制限
  家屋を取り壊して土地を売る場合、取り壊し後にその土地を貸駐車場など他の用途に供した時点で、特例の対象から外れます。
• 所有者として居住していない場合
  例えば、親の家に同居していた子が親の死後に相続し、一度も自分が所有者として住むことなく直ちに売却したようなケースは、この「居住用財産の特例」は適用できません（※別途「空き家特例」の検討が必要です）。

参照：国税庁タックスアンサー　No.3302 マイホームを売ったときの特例

5.共有名義の場合

共有名義のマイホームを売却する場合、最大のメリットは特別控除の枠が共有者の人数分だけ増えることです。一方で、手続きや適用要件に関しては、単独名義とは異なる注意点があります。

1. 共有名義で売却するメリット

• 控除枠の拡大（最大3,000万円×人数）

この特例は、共有者全員で3,000万円ではなく、特例の要件を満たす共有者一人につき最高3,000万円まで控除が認められます。
【具体例】：夫婦で5:5の割合で共有しているマイホームを売却して4,000万円の譲渡所得（利益）が出た場合、夫の所得2,000万円、妻の所得2,000万円に対し、それぞれ3,000万円の控除枠が適用されるため、夫婦ともに譲渡所得が0円となり、課税されません。

• 世帯全体の節税効果

夫婦共有名義であれば、世帯全体で最大6,000万円までの売却益を非課税にできるため、単独名義よりも高い節税効果を得られる可能性があります。

2. 売却時の注意点

• 各自での確定申告が必須

特例を適用するためには、共有者一人一人が個別に確定申告を行う必要があります。たとえ控除の結果、納税額が0円になる場合であっても、各自が申告書を提出しなければなりません。

• 居住要件の判定

特例の適用の有無は共有者ごとに判定されます。原則として、売却する家屋に実際に住んでいることが条件となるため、共有者のうち住んでいない人はその持分について特例を受けることができません。

• 家屋と敷地の所有者が異なる場合

家屋を共有せず、敷地（土地）のみを共有している人は、原則としてこの特例を受けられません。ただし、以下の要件をすべて満たせば、家屋所有者が使い切れなかった控除の残額(3,000万円－家屋所有者が使用した控除額)を、敷地所有者の売却益から差し引くことができます。

1. 家屋と敷地を同時に売却すること。
2. 家屋所有者と敷地所有者が親族であり、生計を一にしていること。
3. 敷地所有者が、家屋所有者と一緒にその家に住んでいること。

参照：租税特別措置法関係通達35-4（家屋の所有者と敷地の所有者が異なる場合の調整）

3. その他の留意事項

• 譲渡所得の計算
  譲渡所得の計算は、それぞれの所有権持分（持分割合）に応じて行います。
• 所有期間の判定
  10年超所有の軽減税率の特例など、他の特例を併用する場合も、所有期間や居住期間の判定は共有者ごとに行われます。

6.住民票と実態

「居住用財産の3,000万円特別控除」の適用において、その家屋が「居住の用」に供されていたか、つまり居住の実態があるかどうかの判定は非常に重要です。原則として住民票があることが居住の証明になりますが、事情により住民票が別の場所にあっても、電気・ガスの使用状況や郵便物の届先など、生活の実態を証明できれば適用される場合があります。

居住実態の判定基準やよくある質問をまとめてみましたので、確認していきましょう。

1. 居住実態の判定基準

「居住の用に供している家屋」とは、単に短期間起居していたり、仮住まいとして利用していたりするだけでは足りません。「真に居住の意思をもって、客観的にもある程度の期間継続して生活の拠点としていた家屋」を指します。

判定にあたっては、以下の要素を総合的に勘案し、社会通念に従って判断されます。
• 日常生活の状況：本人や配偶者などがその家でどのように生活しているか。
• 入居目的：その家に入居した理由が一時的なものではないか。
• 構造と設備：生活の拠点として十分な設備が整っているか。
• 客観的な事実：電気・ガス・水道の使用量や郵便物の届先、通勤定期の区間など。

2. 居住の実態に関するよくある質問（Q&A)

住民票を移していませんが、実際に住んでいれば適用されますか？

はい、住民票がなくても、実際にその場所に居住していれば適用可能です。 通常、居住の証明には住民票（戸籍の附票）が用いられますが、事情により住民票がない場合は、「住んでいた証拠」を別途提出する必要があります。

【証拠の例】：電気・ガス・水道の利用明細、郵便物の配達記録、最寄駅までの通勤定期券、引越し時の領収書など。

単身赴任中で家を空けていますが、家族が住んでいれば大丈夫ですか？

原則として適用されます。 転勤や療養などの事情で配偶者等と離れて単身で起居している場合でも、その事情が解消したときに配偶者等と一緒に住むと認められる家屋は、本人にとっても「生活の拠点」とみなされます。

自宅が2か所ある場合、どちらにも特例を使えますか？

いいえ、適用対象となるのは「主として生活の拠点としている家屋」一つのみです。どちらがメインの拠点であるかは、家族の生活状況や、週末に帰宅して家族と過ごしているかといった事実関係に基づき判定されます。

節税のために売却直前に入居した場合、認められますか？

認められません。 この特例の適用を受けることだけを目的として入居したと認められる家屋は、適用除外となります。実際に、光熱費の使用量が極端に少ないことや、入居目的が特例適用の目的であったとの答述に基づき、適用が否定された事例があります。

新築中の仮住まいや、別荘を売る場合はどうですか？

適用されません。 マイホームを新築する期間中だけの仮住まいや、一時的な目的で入居した家屋、また主として趣味や保養を目的とする別荘などは、居住用財産には該当しません。

すでに引越して空き家になっていますが、期限はありますか？

住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する必要があります。この期間内であれば、現に住んでいなくても「居住用財産」として特例の対象になります。

7.まとめ

3,000万円特別控除は、要件を満たせば譲渡所得課税を大幅に圧縮できる一方、期限（3年目の年末）や、特別関係者への譲渡、買換え・交換特例等との併用制限、住宅ローン控除との関係など、見落としやすい“落とし穴”もあります。さらに共有の場合は「3,000万円×人数」になるケースと、家屋・敷地の所有関係により「合算3,000万円上限」になるケースがあり、結論が分かれます。最終的には個別事情で判定が変わり得るため、売却時期・契約形態・名義と居住実態を時系列で整理し、必要に応じて税理士へ相談のうえ確定申告で適正に適用することが重要です。税理士をお探しの方は、お気軽にこちらまでお問い合わせください。