【町田市の税理士が解説】国税庁ダイレクト納付の手続きについて

1.ダイレクト納付とは？(概要)

ダイレクト納付とは、インターネットを使って税金の申告（e-Tax）をした後、ご自身名義の預貯金口座から引き落としで税金を納めることができる制度です。

主な特徴とメリットをまとめました。各詳細は次章以降で解説します。

【ダイレクト納付の主なメリット】

• 窓口に行かなくて済む
  税務署や銀行の窓口に並ぶ必要がなく、自宅やオフィスからパソコンやスマートフォンで納付手続きが完了します。早朝や深夜、土日祝日でも手続きが可能です。
• 手数料が無料
  インターネットバンキングなどで支払う際にかかるような振込手数料はかかりません。
• 納付日を指定できる
  納期限内であれば、「今すぐ納付する」か「指定した日に引き落とす」かを選ぶことができ、資金繰りの見通しが立てやすくなります。

【利用するための注意点・必要な準備】

• 事前手続きが必要
  利用するためには、事前にe-Taxの利用開始手続きと、税務署へ「ダイレクト納付利用届出書」を提出する必要があります。利用できるようになるまで、オンライン提出で約1週間、書面提出で約1か月かかります。
• 対応している口座が必要
  すべての金融機関が対応しているわけではないため、利用可能な金融機関（一部のネット銀行などは非対応）の口座を登録する必要があります。
• 領収書は出ない
  窓口での納付と違い、紙の領収書は発行されません（e-Taxの画面上で納付状況を確認できます）。

【さらに便利な機能もあります】

• 自動ダイレクト（令和6年4月開始）
  電子申告をする画面でチェックを入れるだけで、別途納付手続きをしなくても、納期限の日に自動的に口座から引き落とされる機能が追加され、さらに手間が省けるようになりました。
• 地方税の納付（eLTAX）
  国税だけでなく、法人住民税や個人住民税などの「地方税」についても、同様の仕組みでダイレクト納付をすることができます。

2.他の支払い方法との違い（比較表）

ダイレクト納付と他の主な支払い方法（キャッシュレス納付および窓口納付）との違いを以下の表にまとめました。

ダイレクト納付と他の支払い方法との違い

納付方法	概要	対象税目	事前準備	手数料	納付のタイミング・手間
ダイレクト納付	e-Tax申告後、事前登録した口座から引き落としで納付。	全税目	e-Tax利用開始手続と「ダイレクト納付利用届出書」の提出（利用開始まで書面で約1ヶ月、オンラインで約1週間）	無料	即時、期日指定、または「自動ダイレクト」を利用すれば法定納期限に自動引落。毎回の手間が少ない。
振替納税	国税庁が定めた振替日に、指定口座から自動で引き落とし。	個人の所得税・消費税のみ	「口座振替依頼書」の提出	無料	指定された振替日に自動引落。一度手続きすれば次回以降も自動。
インターネットバンキング等	e-Tax等で納付番号を取得後、ネットバンキングから手動で振込・納付。	全税目	インターネットバンキングの利用契約	無料（※利用する金融機関の振込手数料等がかかる場合あり）	手動で手続きを行った時点。申告後に自分で納付金額等を入力して手続きする手間がかかる。
スマホアプリ納付	専用サイト等からスマホ決済アプリ（Pay払い等）を利用して納付。	全税目	スマホ決済アプリの登録・チャージ	無料	手動で手続きを行った時点。毎回手続きが必要。30万円の上限がある。
窓口納付・コンビニ納付	金融機関や税務署、コンビニの窓口で現金納付。	全税目（コンビニは上限あり）	現金、納付書やQRコードの準備	無料	窓口で支払った時点。窓口に出向く手間や待ち時間がかかる。

3.ダイレクト納付のメリット

ダイレクト納付（e-Taxによる口座振替）を行うことには、納税者の事務負担や資金繰りの面で多くのメリットがあります。詳しくまとめると以下のようになります。

(1). 自宅やオフィスからいつでも納付可能

PCやスマートフォンを使って、ご自宅やオフィスから納付手続きが可能です。金融機関や税務署の窓口に出向く必要がないため、待ち時間や移動時間などの事務負担を大幅に軽減できます。また、早朝や深夜、土日祝日でも手続きが可能です。現金を引き出して持ち歩く必要もありません。

(2). 納付日の指定ができる

即時での口座引き落としはもちろん、法定納期限内であれば任意の引き落とし日を指定して納付することができます。自社の資金繰りに合わせて柔軟に納付のタイミングを調整できるため、資金計画が立てやすくなります。

(3). インターネットバンキングの契約や振込手数料が不要

ダイレクト納付を利用するために、新たにインターネットバンキングを契約する必要はありません。また、納付に際しての振替手数料も不要（無料）です。

(4). 予納や分割納付に対応している

将来納付することが見込まれる税金について、課税期間中にあらかじめ納付日と金額を複数回分登録しておくことで、定期的な均等額の納付や任意のタイミングで納付を行う「予納ダイレクト」が利用できます。これにより、確定申告時に一括で支払う資金負担を平準化できます。 また、一括納付が困難な場合（※事前に税務署等との納付相談が必要）には、一度の登録で約12か月後までの納付予定日を指定できる「分割納付」にも対応しています。

(5). 複数の口座を登録して使い分けが可能

複数の預貯金口座を登録しておくことができ、納付の都度、画面上で引き落とし口座を選択することができます。これにより、税目ごとに支払う口座を分けるといった使い分けが可能です。

(6). 税理士へ納付手続きを委託できる

事前に納税用確認番号等を登録しておくことで、顧問税理士が納税者に代わって納付手続きを行うことが可能です。

(7). 新機能「自動ダイレクト」でさらに便利に

令和6年（2024年）4月1日からは「自動ダイレクト」という新機能が運用開始されました。e-Taxで電子申告を行う際に「自動ダイレクトを利用する」というチェックボックスを入れるだけで、申告データの送信と同時に納付手続きが完了します。この機能を使えば、後日改めて納付手続きをする手間が省け、法定納期限（当日に手続きした場合は翌取引日）に自動的に引き落とされるため、納付忘れを防ぐことができます。

4.【重要】利用開始までのステップ

ダイレクト納付を始めるための具体的な手順を、3つのステップでわかりやすく解説します。 個人と法人で少し手続きが異なりますので、その点も踏まえてお伝えします。

ステップ1：e-Taxの利用開始手続き

まずは、インターネットで税金の手続きをするためのシステム「e-Tax」を使えるように準備をします。

• 利用者識別番号の取得
  e-Taxを初めて利用する方は、マイナンバーカードなどを使って、e-Taxのホームページから「利用者識別番号（16桁の番号）」とパスワードを取得します。
• 納税用確認番号の登録
  ダイレクト納付を利用するために、e-Taxの画面上で「納税用確認番号（任意の6桁の数字）」やメールアドレスなどを登録しておきます。

ステップ2：「ダイレクト納付利用届出書」の提出

次に、税金の引き落としに使いたい銀行口座を税務署に届け出ます。

• オンライン提出がおすすめ！
  パソコンやスマホから「e-Taxソフト（WEB版）」にログインし、画面の案内に従って口座情報を入力して送信します。提出から約1週間で利用可能になるため、とてもスピーディです。
  ※ただし、本人名義の口座に限られます。また、一部のネット銀行など、ダイレクト納付に対応していない金融機関もあるため事前の確認が必要です。
• 書面で提出したい方
  国税庁のホームページから「国税ダイレクト方式電子納税依頼書兼国税ダイレクト方式電子納税届出書」をダウンロード・印刷して必要事項を記入し、会社を管轄する税務署へ郵送または持参します。
  

ステップ3：メッセージボックスで「登録完了」を確認

届出書を提出してすぐに使えるわけではありません。税務署や銀行での登録作業が終わると、e-Taxのメッセージボックスに「ダイレクト納付の預貯金口座登録完了通知」というお知らせが届きます。 このお知らせが届いて初めて、ダイレクト納付が利用できるようになります。

（補足）地方税のダイレクト納付をしたい場合

上記は国税（法人税、所得税、消費税など）の手順ですが、地方税（法人都道府県民税や法人事業税など）については「eLTAX（エルタックス）」という別のシステムを使います。 eLTAXでダイレクト納付をする場合は、eLTAXの利用開始手続きをした後、「地方税共同機構ダイレクト納付口座振替依頼書」を印刷し、金融機関へ書面で郵送又はオンラインでの口座登録手続きをする必要があります。

5.実際の使いかた：3ステップで完了

ダイレクト納付の使い方は、大きく分けて「初回だけの事前準備」と「実際の納付手続き」の2つのステップになります。

順を追ってわかりやすく説明しますね。

ステップ1：事前準備（前章解説部分）

まずは「この口座から税金を引き落としてください」と税務署に登録する必要があります。詳細は前章を確認ください。

1. e-Taxを使えるようにする
   まずはe-Taxの利用開始手続きを行い、「利用者識別番号」という専用のIDを取得します。
2. 暗証番号などの登録
   e-Taxにログインし、「納税用確認番号」などを登録します。
3. 「ダイレクト納付利用届出書」の提出
   引き落としたいご自身の銀行口座を登録します。
   • 個人の場合: スマートフォンやパソコンからオンライン提出ができます（約1週間で利用可能になります）。書面での提出も可能です。
   • 法人の場合: 書面での提出のみとなります（利用可能になるまで約1ヶ月かかります）。
4. 登録完了の確認 税務署と金融機関での処理が終わると、e-Taxのメッセージボックスに「登録完了のお知らせ」が届きます。これで準備は完了です。

ステップ2：実際の納付手続き（申告のとき）

登録が終われば、次からはとても簡単に納付ができます。方法は大きく2パターンあります。

パターンA：「自動ダイレクト」を使う（一番簡単・おすすめ！）

令和6年（2024年）4月から始まった一番手間のかからない方法です。

1. e-Taxで確定申告などのデータを作成します。
2. データを送信する最後の画面で、「自動ダイレクトを利用する」というチェックボックスにチェックを入れます。
3. そのまま送信ボタンを押せば、申告と同時に納付手続きも完了します。
4. 税金の納期限の日（当日に申告した場合は翌取引日）に、自動的に口座から引き落とされます。

パターンB：手動でダイレクト納付を行う（納付日を自分で決めたい場合）

自動にせず、自分のタイミングで払いたい場合はこちらを使います。

1. e-Taxで申告データを送信します。
2. e-Taxのメッセージボックスに届く「納付区分番号通知」というお知らせを開きます。
3. 画面の下の方にダイレクト納付の項目があるので、「今すぐに納付される方」か「納付日を指定される方」を選んでクリックします。
4. 引き落とす口座と、納付日（指定する場合）を選んで「納付する」をクリックすれば完了です。

6.ダイレクト納付で気をつけるべき注意点

ダイレクト納付をこれから始める方向けに、気をつけるべき主な注意点と対策をまとめました。特に「事前準備」と「残高の管理」には注意が必要です。

(1). 利用開始までに時間がかかる

ダイレクト納付は、申し込みをしてから実際に利用できるようになるまでに時間がかかります。

• 書面での提出（個人・法人）
  約1ヶ月程度かかります。
• オンラインでの提出（個人のみ）
  約1週間程度かかります。

(2). 利用できない金融機関がある

すべての金融機関の口座がダイレクト納付に使えるわけではありません。

• 一部のインターネット専業銀行や、一部の協同組織金融機関などは対応していない場合があります。
• また、個人のオンライン提出の場合、原則として事業用口座（屋号付きの口座）は利用できません。

(3). 残高不足による「延滞税」のリスク

ダイレクト納付で最も多いトラブルが、指定した期日や法定納期限に口座の残高が不足しており、引き落としができないケースです。

• 残高不足で引き落としができなかった場合、法定納期限の翌日から納付日までの延滞税がかかる可能性があります。
• 指定した日の朝に公共料金など他の引き落としが重なり、結果として残高不足になってしまうケースもあります。

(4). 紙の「領収書」が発行されない

ダイレクト納付を利用した場合、金融機関や税務署の窓口で納付した際にもらえるような紙の領収書は発行されません。

• 納付状況の確認は、e-Taxのメッセージボックスに格納される「ダイレクト納付完了通知」で行います。

(5). 新機能「自動ダイレクト」特有の注意点

申告と同時に自動で引き落とし手続きが完了する便利な「自動ダイレクト」ですが、以下の点に注意が必要です。

• 引き落とし日が決まっている
  自動ダイレクトでは、引き落とし日が自動的に「法定納期限の当日（当日に手続きした場合は翌取引日）」に設定されます。自分の好きな日（前倒しなど）に引き落としたい場合は、自動ダイレクトではなく通常の「期日指定のダイレクト納付」を選ぶ必要があります。
• 納付額に上限がある
  法定納期限当日に手続きをする場合、自動ダイレクトには利用上限額（2028年3月31日までは3,000万円以下、それ以降段階的に引き上げ）が設けられています。

(6). 日時指定に関する制約

• 納付日を指定する場合、土日・祝日や年末年始（12月29日～1月3日）を指定することはできません。
• 「今すぐ納付」を選ぶ場合でも、e-Taxの利用可能時間内で、かつ、ご利用の金融機関のシステムが稼働している時間帯でなければ手続きが完了しません。

7.中間申告（みなし申告）のダイレクト納付

法人の中間申告（みなし申告）でも、ダイレクト納付を行うことは可能です。

中間申告書を提出せずに「みなし申告」とする場合、申告データ自体を送信しないため、申告と同時に引き落としが完了する「自動ダイレクト機能」は使えません。その代わり、「納付情報登録依頼」というデータを別途送信して納付手続きを行います。

令和6年（2024年）3月25日より新しい機能が追加され、中間申告の納付手続きが非常に簡単になりました。具体的な手続きの手順は以下の通りです。

【中間申告（みなし申告）のダイレクト納付手順】

1. お知らせの確認
   e-Taxにログインし、メッセージボックスの「お知らせ・受信通知」に届いている「中間申告（予定申告）のお知らせ」を開きます。
2. 納付情報登録依頼の作成
   お知らせ画面の下部にある「納付情報登録依頼の参照作成へ」というボタンをクリックします。
3. 内容の確認と送信
   税目、課税期間、納付すべき税額などがすでに自動入力された状態で画面が表示されます。内容に誤りがないか確認し、そのまま「送信」ボタンを押します。自分で金額を手入力する手間はかかりません。
4. ダイレクト納付の実行
   送信後、メッセージボックスに届く「納付区分番号通知」という受信通知を開きます。画面下部のダイレクト納付の項目から「今すぐに納付される方」または「納付日を指定される方」を選択し、引き落とし口座を選んで納付手続きを完了させます。

8.毎月の源泉所得税のダイレクト納付

実は、毎月の源泉所得税の納付にもダイレクト納付は利用可能です。

毎月発生する源泉所得税の納付において、金融機関や税務署の窓口に出向く必要がなくなり、インターネット上で「徴収高計算書（納付書）」の作成・提出から納付手続きまでを一度に完了させることができるため、非常に便利な機能として推奨されています。

具体的な利用方法（手順）は以下の通りです。なお、前提条件として、事前に既に解説したe-Taxの利用開始手続きと、税務署への「ダイレクト納付利用届出書」の提出（預貯金口座の登録）が完了している必要があります。

具体的な手順（e-Taxソフト(WEB版)を利用する場合）

1. 徴収高計算書の作成

1. パソコンやスマートフォンから「e-Taxソフト（WEB版）」にログインします。
2. メインメニューの「申告・申請・納税」から「新規作成」に進みます。
3. 「徴収高計算書を提出する」という項目の中から、該当するもの（通常は「給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書（一般）」）を選択します。
4. 画面の案内に従い、支払年月（納期等の区分）、支払った人員、支払額、税額などを入力し、計算書を作成します。

2. 納付手続き（2つのパターンから選べます）

計算書を作成し、送信する段階で以下のいずれかの方法で納付手続きを行います。

• パターンA：一番簡単な「自動ダイレクト」を利用する
  申告データ（計算書）を送信する画面に、「私（当社）は、申告した納税額について、自動ダイレクトを利用し、下記の口座からの引落しにより納付します」というチェックボックスが表示されます。 ここにチェックを入れて送信ボタンを押すだけで、手続きは完了です。別途納付手続きを行う必要はなく、法定納期限の当日（当日に送信した場合は翌取引日）に自動的に口座から引き落とされます。
• パターンB：手動で「今すぐ納付」または「納付日を指定」する
  自動ダイレクトのチェックを入れずに計算書を送信します。 送信後、e-Taxのメッセージボックスに届く「納付区分番号通知」というお知らせを開きます。 画面の下部にダイレクト納付の項目が表示されるので、「今すぐに納付される方」（即時引き落とし）または「納付日を指定される方」（任意の期日に引き落とし）のいずれかを選択し、引き落とす口座を選んで納付を完了させます。

源泉所得税のダイレクト納付における注意点

• 納期限を過ぎてしまった場合
  納期限を過ぎてから計算書のデータを送信した場合、期日を指定して納付する機能はロックされ選択できなくなります。その場合は「今すぐに納付される方（即時納付）」を選んで、すぐに納付手続きを行う必要があります。
• 引落日の前日までに残高確認を
  自動ダイレクトや期日指定を利用した場合、指定された日の朝に引き落としが開始されます。残高不足で引き落としができなかった場合は延滞税がかかる可能性があるため、前日までに口座残高を必ず確認してください。納付が完了すると、メッセージボックスに「ダイレクト納付完了通知」が届きます。

9.まとめ

ダイレクト納付は、e-Taxを通じて預貯金口座から直接税金を引き落とすことができる制度であり、手数料無料・場所を問わず手続きが完了するという大きなメリットがあります。令和6年4月からは「自動ダイレクト」機能も加わり、申告と納付を同時に済ませることが可能になりました。

一方で、利用開始までに一定の準備期間が必要であること、対応金融機関の確認が不可欠であること、そして引き落とし日の残高不足は延滞税に直結するリスクがあることなど、押さえておくべき注意点も少なくありません。

特に法人の場合は、毎月の源泉所得税の納付や中間申告（みなし申告）の納付にもダイレクト納付を活用でき、経理担当者の事務負担を大幅に軽減できます。まだ導入していない方は、次回の納期限に間に合うよう、早めに届出書の提出を進めることをおすすめします。

なお、本記事の内容は執筆時点の制度に基づいています。税制や手続きの詳細は変更される場合がありますので、最新の情報は国税庁ホームページまたは所轄税務署にてご確認ください。