【町田市の税理士が解説】グループ通算制度の基礎②：通算所得・通算税額の計算と実務の流れ

1.通算所得の計算ステップ

グループ通算制度の所得計算は、一言でいえば「個社で計算した後に、グループ内で助け合う」という2段構えの構造です。

(1).個社の所得計算

まずはグループの各法人が、単体納税制度と同じように自分たちの利益（所得）や赤字（欠損）を計算します。これを「通算前所得」または「通算前欠損金額」と呼びます。

• 通算前所得金額：損益通算や繰越欠損金の控除を行う前の所得（黒字）の金額のことです。
• 通算前欠損金額：損益通算を行う前の赤字（欠損）の金額のことです。

グループ通算制度は、各法人が納税単位として個別に申告を行いますが、この「通算前」の数値をベースにグループ全体で調整計算（損益通算）を行いますので、通算前所得の計算に含まれるもの・含まれないものについて理解しておくことが大切です。

①通算前所得の計算に含まれるもの・含まれないものの考え方

グループ通算制度は「個別申告方式」ですが、計算は二段構えになっています。

1. 各社バラバラに計算する段階（ここで出るのが「通算前所得/欠損金額」）
2. グループ全体で「助け合い」の調整をする段階（損益通算や税額控除など）

例えば、「交際費等の損金不算入」などは①の段階で各社が計算に含めますが、「試験研究費の税額控除」などは②の段階で調整するため、①の所得計算自体には直接反映されません。

それでは、具体的な規定の振り分けを一覧表で見てみましょう。

②計算規定の振り分け一覧表

【表A】個別の所得計算（通算前所得）に含まれる主な規定

これらは、各通算法人が「自分一人の利益・赤字」を出すために、単体納税制度とほぼ同じ感覚で計算する項目です。

規定項目	内容の概要
減価償却費	固定資産の償却費。各社の資産ごとに計算します。
役員給与・人件費	各社が支払う給与や賞与。不相当に高額なものは損金不算入です。
交際費等の損金不算入	各社が支出した交際費を計算。ただし、定額控除限度額（800万円）はグループで分け合います。
受取配当等の益金不算入	他社から受け取った配当。関連法人株式等の判定はグループ合算で行います。
寄附金の損金不算入	支出した寄附金。限度額計算の基礎となる所得は各社で出します。
貸倒引当金	各社の金銭債権に対する繰入れ。グループ内債権は除外されます。
資産の譲渡損益調整	グループ内での資産取引による損益。この段階で「繰り延べ」処理を行います。

【表B】グループ全体で計算・調整する規定（通算前所得には含めない）

これらは、各社の「通算前所得/欠損金額」が出そろった後に、親法人が集計して調整計算を行う項目です。

規定項目	内容の概要
損益通算	グループ内の黒字と赤字を相殺し、各社の所得を書き換える処理です。
欠損金の通算	過去の赤字（繰越欠損金）をグループ全体の所得から差し引く処理です。
試験研究費の税額控除	グループ全体の試験研究費を合計し、グループ全体の税額枠から控除します。
外国税額控除	海外で払った税金を差し引く枠を、グループ全体の要素で計算します。
中小法人の軽減税率	年800万円までの所得への低い税率（15％）。この「800万円の枠」を所得比で分け合います。

③なぜ「試験研究費」は所得計算に含めないのか？

ここが初心者の方が最も混乱するポイントです。
「所得計算」と「税額計算」は別物だからです。

• 交際費は「費用（損金）にできるかどうか」のルールなので、所得を出す計算に含まれます。
• 試験研究費の税額控除は、所得に税率をかけた後の「税金」から直接引くルールです。そのため、通算前所得を出す段階では計算に登場せず、グループ調整の最後の方で登場します。

(2).グループ内損益の調整

1. 損益通算とは？（グループ一体で税金を計算する魔法）

損益通算とは、簡単に言えば「グループ内の黒字（所得）と赤字（欠損）をガッチャンコして、グループ全体の法人税を減らす仕組み」です。

本来、法人税は会社ごとに計算しますが、100％グループの場合は「経済的に一体である」と考えます。そのため、赤字を出している子会社の損失を、利益が出ている親会社などの黒字から差し引くことが認められているのです。

2. 損益通算の計算ルール（按分計算のメカニズム）

損益通算の計算は、以下の2ステップで行われます。

1. 損金算入
   欠損（赤字）法人の赤字合計額を、所得（黒字）法人の所得比率で配分し、黒字法人の所得から差し引きます。
   つまり、黒字法人側で配分を受けた金額が損金の額に算入されます。
2. 益金算入
   上記で黒字法人から差し引かれた金額を、今度は赤字法人の赤字比率で配分し、赤字法人の所得にプラスして赤字を埋めます。つまり、赤字法人側で当該配分した金額が益金の額に算入されます。

この「所得比で分ける」計算をプロラタ計算と呼びます。

3. 【具体例】図解でわかる損益通算

それでは、具体的な数字で見てみましょう。

ケースA：グループ全体で「黒字」の場合（所得の合計が赤字の合計より多いケース）

• P社（親）： 所得 500
• S1社（子）： 所得 100
• S2社（子）： 赤字 ▲50
• S3社（子）： 赤字 ▲250

このグループの所得合計は600（500+100）、赤字合計は300（50+250）です。

会社名	通算前の所得/赤字	損益通算の計算（配分）	通算後の最終所得
P社	500	300 × (500/600) = ▲250 (損金算入)	250
S1社	100	300 × (100/600) = ▲50 (損金算入)	50
S2社	▲50	300 × (50/300) = +50 (益金算入)	0
S3社	▲250	300 × (250/300) = +250 (益金算入)	0
合計	300	0	300

ポイント： 赤字300がすべて使い切られ、グループ全体で300の所得に対して税金がかかります。

ケースB：グループ全体で「赤字」の場合（赤字の合計が所得の合計より多いケース）

• P社（親）： 所得 250
• S1社（子）： 所得 50
• S2社（子）： 赤字 ▲500
• S3社（子）： 赤字 ▲100

所得合計は300、赤字合計は600です。この場合、相殺できる赤字は「所得の合計（300）」が上限になります。

会社名	通算前の所得/赤字	損益通算の計算（配分）	通算後の最終所得/欠損
P社	250	300(上限) × (250/300) = ▲250	0
S1社	50	300(上限) × (50/300) = ▲50	0
S2社	▲500	300 × (500/600) = +250	▲250 (繰越)
S3社	▲100	300 × (100/600) = +50	▲50 (繰越)
合計	▲300	0	▲300

ポイント： 全社の所得が0になり、使い切れなかった赤字（計300）は、それぞれの会社の「繰越欠損金」として翌年以降に持ち越されます。

4. 実務で知っておくべき「遮断措置（しゃだんそち）」

もし、数年後の税務調査でS2社の計算間違いが発覚し、所得が修正されたらどうなるでしょうか？

旧制度（連結納税）では、一社の数字が変わるとグループ全員が計算し直しでした。しかし、グループ通算制度では「遮断措置」が適用されます。原則として、「ミスをした会社だけ」が修正申告を行えばよく、他の会社の損益通算額（当初申告した金額）は動かしません。これにより、事務負担が劇的に軽減されています。

5. 損益通算のポイントまとめ

損益通算のポイントを3つに凝縮します！

1. 「プロラタ（按分）計算」：赤字は黒字の比率に応じてみんなで分担する。
2. 「所得0まで」：グループ全体の所得がマイナスになる場合は、所得を0にするまで通算し、残りは繰り越す。
3. 「遮断措置で安心」：後から間違いが見つかっても、他の会社に迷惑はかからない。

この損益通算によって浮いたお金（税効果額）をグループ内でどう精算するかについては、応用編として、後日「通算税効果額」の回で詳しく解説します。

2.通算税額の計算ステップ

所得が決まったら、次は税金の計算です。
計算した所得に対して「具体的にいくらの税金がかかり、どのような控除が受けられるのか？」という、キャッシュフローに直結する「税額計算」のステップを解説します。

特に、試験研究費や外国税額控除といった「節税の目玉」がグループ通算でどう扱われるのか、前回の数値例を使ってシミュレーションしていきましょう！

(1).各社の法人税額の計算

まずは、損益通算をした後の「最終的な所得」に税率をかけて、各社の税額のベース（調整前法人税額）を出します。

①税率の適用ルール

• 普通法人：原則 23.2％。
• 中小法人（軽減税率）：年800万円以下の所得に対しては 15％ が適用されます。ただし、この「800万円の枠」はグループ全体で1つであり、所得の金額の比で各社に分け合います。

②計算の具体例

前回の結果（P社：所得250、S1社：所得50、S2社：0、S3社：0）をもとに計算します。
（簡略化のため、全社中小グループと仮定）

1. 軽減税率枠（800万円）の按分

• グループ合計所得：250 + 50 = 300
• P社の枠：800 × 250 / 300 = 約666万円（自分の所得250万円より多いため、250万円全額に15％適用）
• S1社の枠：800 × 50 / 300 = 約133万円（自分の所得50万円全額に15％適用）

2. 各社の調整前法人税額

• P社：250 × 15％ = 37.5
• S1社：50 × 15％ = 7.5
• S2・S3社：所得0のため 0

(2).税額控除の扱い（グループ一体計算の威力）

グループ通算制度の大きなメリットは、「試験研究費の税額控除」や「外国税額控除」をグループ全体を一つの単位として計算できる点です。

(1) 試験研究費の税額控除

グループ全体の試験研究費を合計し、グループ全体の法人税額（調整前法人税額の合計）をもとに控除限度額を計算します。 算出された「グループ全体の控除額」を、各社の「調整前法人税額」の比率で按分して、各社の税額から差し引きます。

①計算の具体例

• P社：調整前法人税額 37.5
• S1社：調整前法人税額 7.5
• グループ全体で計算した試験研究費の税額控除の控除可能額：12 だった場合

1. 各社への配分（あん分計算）

• P社の控除額：12 × 37.5 / 45 = 10
• S1社の控除額：12 × 7.5 / 45 = 2

2. 控除後の法人税額

• P社：37.5 – 10 = 27.5
• S1社：7.5 – 2 = 5.5

これにより、単体では控除枠を使い切れなかった赤字法人や低利益法人があっても、グループ全体の枠として無駄なく税額控除を行うことで税金を安くできます。

(2) 外国税額控除

外国で支払った税金を日本の税金から引ける「外国税額控除」も、グループ全体の要素（所得、国外所得、法人税額の合計）を用いて控除限度額を計算します。 個社では「国外所得はあるが国内が赤字で枠がない」といった場合でも、グループ全体に黒字があれば控除を受けられる可能性が高まります。

(3).グループ通算税額の算定と精算

こうして各法人が個別に計算・申告を行いますが、実務上は「得をした会社」と「損をした会社」の間で精算を行うのが一般的です。

• 個別申告方式
  各法人が自分の納税額をそれぞれの税務署に申告・納付します。
• 通算税効果額の授受
  損益通算によって税金が安くなった会社（黒字法人）は、赤字を提供してくれた会社（赤字法人）に対し、安くなった税金分を「通算税効果額」として支払います。
• 税務上の扱い
  この精算金のやり取りは、税務上は益金（利益）にも損金（経費）にも含まれません。

(4).まとめ

税額計算のポイントを整理します！

1. 税率は所得比で按分：軽減税率の枠は早い者勝ちではなく、所得の割合で分け合う。
2. 控除額は税額比で按分：試験研究費などのボーナスは、各社が負担すべき税額の割合で分配される。
3. グループ全体で「枠」を広げる：個社では使い切れなかった控除枠を、グループ全体の力で最大化できる。

参照：国税庁　通算制度の当初申告における損益通算の計算

3.欠損金の取扱い（最重要ポイント）

グループ通算制度において、赤字（欠損金）をどう扱うかは節税効果に直結する非常に重要なポイントです。しかし、その計算ルールは「特定」や「非特定」といった区分があり、非常に複雑です。

(1). 欠損金の2つのカテゴリー：特定 vs 非特定

グループ通算制度では、欠損金をその性格によって「特定欠損金」と「非特定欠損金」の2つに区分して管理します。

• 特定欠損金

• 原則として、「その欠損金を持っている法人自身の所得」からしか差し引くことができない欠損金です。
• 具体的には、通算制度の開始・加入前に生じた欠損金などが該当します。

• 非特定欠損金

• グループ全体で共有し、他の法人の所得からも差し引くことができる欠損金です。
• 主に通算制度を適用した後に、グループ内で発生した欠損金がこれに当たります。

(2). 欠損金控除の計算ステップとルール

計算には厳格な優先順位があります。基本は「古い事業年度のものから順に」、そして「特定欠損金から先に」控除します。

ステップ①：損金算入限度額の計算

まず、各社の損益通算後の所得をもとに、グループ全体の「損金算入限度額」を出します。

• 大通算法人の場合：所得の 50％ が上限。
• 中小通算法人等の場合：所得の 100％（全額）まで控除可能。

ステップ②：特定欠損金の控除

各法人が持っている特定欠損金を、その法人の所得とグループ全体の限度額の範囲内で差し引きます。

ステップ③：非特定欠損金の配賦（プロラタ計算）

残った損金算入限度額を、各法人の非特定欠損金の比率に応じて配分し、グループ全体で共有して差し引きます。

(3). 加入・開始時の「欠損金切捨て」に注意！

M&Aなどで新しく会社が加わる際、すべての赤字を持ち込めるわけではありません。一定の要件（5年超の支配関係や共同事業性など）を満たさない場合、加入前の繰越欠損金は「切捨て（消滅）」されてしまいます。

せっかく赤字のある会社を買収しても、このルールに触れると節税メリットがゼロになるため、事前の判定が不可欠です。

(4). 事務負担を減らす「遮断措置（しゃだんそち）」

もし、数年後にグループ内の一社の計算間違いが見つかって所得が修正（修更正）されたらどうなるでしょうか？

グループ通算制度では、「遮断措置」がとられます。 原則として、他社の所得が変わっても、当初申告で決まった欠損金の配分額などは変更（再計算）しません。これにより、一社のミスでグループ全社が修正申告に追い込まれるパニックを防いでいるのです。

4.申告・納付の実務フロー

(1). 申告の基本：「個別申告方式」への転換

グループ通算制度の最大の特徴は、通算グループ内の各法人が納税単位となり、個別に法人税等の計算・申告・納付を行う「個別申告方式」である点です。

• 全員が申告者
  親法人だけでなく、すべての通算子法人が自ら申告書を提出する必要があります。
• 電子申告（e-Tax）が絶対条件
  資本金の額が1億円以下の中小法人であっても、グループ通算制度を適用する法人はすべて電子申告が義務化されています。

(2). 申告実務の具体的なフロー

実務上の流れは、以下の4つのステップで進みます。

① 各社での「通算前所得」の計算(上記解説済み)

まず、グループ各社が単体納税と同じ要領で、自社の所得や欠損（通算前）を計算します。

② 親法人による「グループ調整計算」(上記解説済み)

親法人が各社の数値を集約し、グループ全体での「損益通算」や「欠損金の通算」の計算を行います。

③ 申告書の作成と提出

調整後の数値を各社の申告書（別表）に反映させ、それぞれの納税地を所轄する税務署へ提出します。

④ 税金の納付

各法人が、それぞれの税額を個別に納付します。

(3). スケジュールと期限の管理

• 原則期限
  事業年度終了の日の翌日から2ヶ月以内です。
• 申告期限の延長
  通算法人が多数に上るなどの理由で計算が終わらない場合、親法人が申請することでグループ全社の申告期限を原則2ヶ月延長できます。

(4). 中間申告のルール

事業年度が6ヶ月を超える法人は「中間申告」が必要になりますが、グループ通算特有のルールがあります。

• 予定申告
  前期の実績に基づいて計算します。
• 仮決算
  仮決算による中間申告を行う場合は、グループ内の「全員」が足並みを揃えて仮決算を行う必要があります（一部の会社だけ予定申告、といった混合はできません）。

参照：国税庁グループ通算制度の概要

5.基礎②のまとめ：計算と実務の“型”を理解する

グループ通算制度は、単体申告の仕組みを維持しながら、連結納税制度のメリットであった「グループ内での損益・税額の調整」を取り入れた、非常に高度な税務制度です。

ポイントは次の3つに集約されます。

1. 所得計算は“個社ごと”に、税額計算や損益通算は“グループ全体”で行う二段構えの構造であること。
2. 欠損金は「特定」と「非特定」に区分され、控除順序や限度額に厳格なルールがあること。
3. 個別申告方式・電子申告義務・遮断措置など、申告実務が従来制度と大きく異なること。

これらを正しく理解することで、グループ全体の税負担を最適化しつつ、税務リスクを最小限に抑えることができます。制度の複雑さに不安を感じる場合は、早い段階で専門家と連携し、グループ全体の税務戦略を設計することが重要です。