【町田市の税理士が解説】個人の譲渡所得の基礎知識について

1. はじめに

不動産や株式など、あなたが保有する資産を売却して利益が出た場合、その利益には税金がかかります。これが「譲渡所得」です。

(1).譲渡所得とは何か？（定義と概要と申告対象者）

譲渡所得とは、土地、建物、株式、ゴルフ会員権などの資産を譲渡（売却）することで得られる所得を指します。

譲渡所得は、売却した資産の種類によって課税方法が厳密に定められている点が特徴です。

原則として、資産を売却して利益（売却益）が出た個人は、翌年に確定申告を行い、所得税と住民税を納める必要があります。ただし、株式の特定口座（源泉徴収あり）で取引した場合など、例外的に申告が不要となるケースもあります。

(2).なぜ譲渡所得の理解が重要なのか（税務上の影響、誤認リスク）

譲渡所得の計算と申告を正しく行うことは、あなたの資産を守り、将来の計画を狂わせないために極めて重要です。

1. 税負担の最適化
   譲渡所得には、「居住用財産の3,000万円特別控除」や「譲渡損失の繰越控除」など、税負担を大きく軽減できる特例が数多く存在します。これらの特例を適用するには、必ず確定申告が必要です。
2. 無申告・誤申告のリスク
   譲渡所得は高額になりがちであり、計算や申告を怠ると、税務調査で指摘を受け、重いペナルティ（加算税など）を課されるリスクがあります。

2. 譲渡所得の基本構造

(1).対象となる資産の種類（土地・建物、株式、ゴルフ会員権など）

譲渡所得の対象となる主な資産は以下の通りです。

• 土地、建物などの不動産：マイホーム、投資用不動産、相続した土地など。
• 株式等：上場株式、非上場株式、投資信託の受益権、公社債など。
  ゴルフ会員権に類する株式や出資者の持分は一般的に譲渡所得として総合課税されます。
• その他の資産：ゴルフ会員権、金地金、書画骨董（生活用動産ではないもの）など。
  注: 仮想通貨（暗号資産）の譲渡による利益は、原則として雑所得に区分され、譲渡所得とは別の取り扱いになります。

(2).譲渡所得の分類（長期譲渡・短期譲渡）

不動産（土地・建物）の譲渡所得は、税率を決定するために所有期間によって分類されます。

区分	所有期間
長期譲渡所得	譲渡した年の1月1日時点で5年を超えるもの。
短期譲渡所得	譲渡した年の1月1日時点で5年以下のもの。

所有期間が5年を超えるかどうかで、税率に大きな差が生じるため、不動産を売却する際は所有期間を正確に把握することが極めて重要です。

(3).譲渡所得の計算式

譲渡所得の金額は、基本的に以下のシンプルな計算式で算出されます。

譲渡所得金額 ＝ 収入金額（譲渡価額） － ( 取得費 ＋ 譲渡費用 ) － 特別控除額

1. 収入金額（譲渡価額）：資産を売却して受け取る対価の総額です。
2. 取得費：資産を購入したときの価格（購入代金）や、その資産を所有するためにかかった費用（購入時の仲介手数料や登記費用など）の合計額です。建物の場合、購入代金から減価償却費相当額を差し引く必要があります。
3. 譲渡費用：資産を売却するために直接かかった費用（売却時の仲介手数料、収入印紙代、測量費など）です。
4. 特別控除額：特定の特例（例：居住用財産の3,000万円特別控除）を適用した場合に差し引ける金額です。

(4).所得区分との違い（事業所得・雑所得との比較）

所得税法では、所得は10種類に分類されます。譲渡所得と間違いやすい他の所得との違いについては、下記の表の通りとなります。

所得区分	主な対象資産/収入	課税方法（原則）	損益通算・繰越控除
譲渡所得	不動産、株式、ゴルフ会員権など。	申告分離課税、 一部総合課税	制限あり（後述の特例を利用）。
事業所得	事業活動から生じる所得。	総合課税。	可能。
雑所得	他の9種類の所得に該当しない所得（例：仮想通貨の利益、公的年金等以外の副業所得など）。	総合課税。	他の所得と損益通算不可。

3. 譲渡所得の課税方法

(1).総合課税 vs 申告分離課税

所得の課税方式には、主に「総合課税」と「分離課税」の2種類があります。

• 総合課税：給与所得や事業所得など、複数の所得を合算して税率（累進課税）を適用する方式。
  
• 申告分離課税：他の所得とは切り離して、特定の税率を適用する方式。

譲渡所得のうち、不動産の譲渡所得や株式等の譲渡所得は、原則として「申告分離課税」の対象です。

(2).税率の違い（長期・短期、株式譲渡など）

資産の種類	所有期間	所得税	住民税	合計税率
不動産	長期（5年超）	15%	5%	20%
不動産	短期（5年以下）	30%	9%	39%
株式等	長期・短期問わず	15%	5%	20%

• 注: 上記税率には、別途復興特別所得税（所得税額の2.1%）が加算されます。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー：No.1440 譲渡所得(土地や建物を譲渡したとき)

(3).申告分離課税の仕組み

申告分離課税は、特定の所得（不動産や株式の譲渡所得など）を他の総合課税所得とは分け、一律の税率を適用して課税する仕組みです。

この方式では、原則として、譲渡所得内で損益通算（例：A不動産の利益とB不動産の損失を相殺）は可能ですが、給与所得などの他の所得と相殺（損益通算）することはできません。ただし、後述する特例（居住用財産の譲渡損失の特例など）の適用を受ける場合は、例外的に他の所得との損益通算が認められます。

(4).確定申告の必要性と注意点

譲渡所得を得た場合、原則として確定申告が必要です。

• 申告期間
  毎年1月1日から12月31日までに生じた所得について、翌年の2月16日から3月15日までに申告を行います。
  ◦ 例: 2024年（令和6年）中に不動産を売却した場合、2025年（令和7年）の2月17日（月）から3月17日（月）までに申告が必要です（15日が土日の場合には、次の平日となります）。
• 申告が必須となるケース
  ◦ 譲渡益が出た場合（特定口座の源泉徴収ありを除き）。
  ◦ 特別控除や特例（3,000万円控除、譲渡損失の繰越控除など）を適用する場合。
• 株式の特定口座（源泉徴収あり）の注意点
  この口座では証券会社が納税を完了してくれるため、原則として確定申告は不要です。しかし、譲渡損失の繰越控除や他の口座との損益通算を利用する際は、確定申告を選択する必要があります。
• e-Taxの活用
  国税庁は、e-Taxによる申告（特にスマートフォンを利用した申告）の利便性向上を進めています。マイナポータル連携を利用すれば、特定口座の年間取引報告書などのデータを自動入力できるため、非常に便利です。

4. よくある譲渡事例とその税務処理

(1).居住用財産の売却

マイホーム（居住用財産）を売却した場合、要件を満たせば「居住用財産の3,000万円特別控除」を適用できます。これにより、売却益から最大3,000万円が控除されます。

また、所有期間が10年を超えるマイホームを売却し、3,000万円控除を適用してもなお利益が残る場合は、「10年超所有軽減税率の特例」を併用できる可能性があります。

(2).相続した土地の売却

相続した土地や建物を売却した場合、譲渡所得の取得費に、支払った相続税の一部を加算できる「取得費加算の特例」（相続税の取得費加算の特例）が利用できる場合があります。この特例を利用することで、譲渡所得を圧縮し、税負担を軽減できます。

また、被相続人が住んでいた空き家を売却する場合は、「相続空き家の3,000万円特別控除」の適用も検討できます。

(3).株式の売却（特定口座・一般口座）

株式等の譲渡益は、先述の通り、原則として申告分離課税の対象です。

• 特定口座（源泉徴収あり）：証券会社が源泉徴収・納税を代行するため、原則として確定申告は不要です。
• 一般口座：投資家自身が年間の損益を計算し、確定申告が必要です。
• NISA口座：譲渡益・配当金が非課税となるため、確定申告は不要です。ただし、NISA口座で損失が出ても、他の口座との損益通算や繰越控除はできません。

(4).仮想通貨の譲渡(雑所得)

現在の税制において、仮想通貨（暗号資産）の譲渡による利益は、原則として雑所得に区分され、総合課税の対象となります。仮想通貨の譲渡ではありますが、譲渡所得とはなりませんので、ご注意ください。

• 課税対象となる主なケース
  ◦ 仮想通貨を日本円に換金したとき。
  ◦ 仮想通貨で他の仮想通貨を購入したとき。
  ◦ 仮想通貨で商品・サービスを購入したとき。
• 損益通算
  仮想通貨の損失は、他の所得（給与所得や譲渡所得など）と損益通算することはできません。ただし、雑所得内の他の利益（例：他の仮想通貨取引の利益）とは相殺が可能です。
• 税制改正の動向
  暗号資産取引を他の金融商品と同様に申告分離課税とするよう、業界団体から税制改正要望が出されており、今後の動向が注目されています。

(5).ゴルフ会員権・美術品などの譲渡

ゴルフ会員権に類する株式または出資者の持分の譲渡は、原則として譲渡所得（総合課税）の対象となります。

5. 譲渡所得に関する特例制度

譲渡所得には、条件を満たせば税負担を大幅に軽減できる特例が存在します。これらの特例を適用するためには、確定申告が必須です。なお、各特例の詳しい解説については、後日改めて言及いたします。

(1).居住用財産の3,000万円特別控除

マイホームを売却した際に、売却益から最大3,000万円までを控除し、譲渡税をゼロにできる特例です。

適用要件

• 実際に所有者が住んでいたマイホーム（居住用財産）であること。
• 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すること。
• 親族などの特別関係者への売却は対象外です。

注意点

住宅ローン控除とこの特例は併用できません。また、この特例を適用する年の前年・前々年・前々々年に、売却した自宅以外の居住用財産に住宅ローン控除を適用していた場合も、この特例は適用できません。

参照：国税庁ホームページタックスアンサーNo.3302 マイホームを売ったときの特例

(2).マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例

マイホームを売却して損失（赤字）が出た場合（売却価格が住宅ローン残高を下回る、いわゆるオーバーローンの場合など）に適用できる特例です。

この特例を適用すると、売却損を給与所得や事業所得などの他の所得の黒字と相殺（損益通算）し、その年に控除しきれなかった損失を最大3年間繰り越して控除（繰越控除）できます。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー：No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき(マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例)

(3).相続空き家の譲渡特例

相続した空き家を売却する場合、要件を満たせば譲渡所得から最大3,000万円を控除できます。

• 2024年改正のポイント：2024年1月1日以降の譲渡については、買主が耐震改修や取り壊しを行うケースでも特例の適用が認められるようになり、売却しやすくなりました。

• 注意点：相続人が3人以上の場合、各人別の特別控除額が2,000万円に縮減するなど、要件が改正されている点に注意が必要です。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー　No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例

(4).特定株式等の譲渡損失の損益通算

上場株式等（特定株式等ではなく、上場株式等として記述します）の譲渡で損失（赤字）が出た場合、その年の上場株式等の譲渡益や配当所得と相殺（損益通算）することができます。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー　No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除

(5).上場株式等の譲渡損失の繰越控除

上記の損益通算を行ってもなお損失が残る場合、その損失を翌年以降3年間にわたって繰り越して、将来の株式譲渡益や配当所得から控除（繰越控除）できます。

• 必須の注意点：この繰越控除を適用するためには、損失が生じた年分から、その後の3年間、継続して確定申告を行う必要があります。たとえ翌年に株式の売却がなかったとしても申告が必要です。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー　No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除

6. 応用編：譲渡所得の実務ポイント

譲渡所得の申告は、単に売買価格を差し引くだけでなく、細かな実務知識が必須となります。

(1).取得費不明時の概算取得費（5％ルール）

特に古い不動産を売却する場合、取得時の売買契約書や領収書が残っておらず、正確な取得費が不明なことがあります。

このような場合、売却した金額（収入金額）の5%を概算取得費として計上することが認められています。これを「5%ルール」と呼びます。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー　No.3258 取得費が分からないとき

(2).譲渡費用に含められるもの・含められないもの

「譲渡費用」として譲渡所得の計算上控除できるのは、「資産を売却するために直接かかった費用」に限られます。

区分	含まれるもの（例）	含まれないもの（例）
譲渡費用	仲介手数料、契約書に貼付した収入印紙代、測量費、建物解体費用（特例による）	修繕費、固定資産税、火災保険料、居住期間の賃料など。

(3).譲渡契約書の記載と収入認識時期

不動産の譲渡による収入金額が認識される時期（譲渡があった年）は、原則として、引渡しがあった日とされています。ただし、売買契約の効力が発生した日（契約締結日）を譲渡日として申告することも認められています。

(4).譲渡所得と贈与・相続の違い

譲渡所得は「売却による利益」に課税されますが、資産を売買ではなく無償で移転した場合は、贈与税または相続税が課税されます。

相続により資産を取得し、その後売却した場合には、前述の「相続税の取得費加算の特例」が適用できる可能性があります。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー　No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例

(5).譲渡所得の税務調査で問われやすいポイント

譲渡所得の申告は、税務署の資産税部門が特に注力する分野です。税務調査で誤りやすい実例としては、特例の適用要件の誤認や、取得費・譲渡費用の計上ミス、特に古い資産の取得費の根拠などが挙げられます。前提事実によって税務判断が分かれるケースも多いため、正確な資料の整備と慎重な判断が求められます。

7. ケーススタディ（実例紹介）

ここでは、居住用財産の売却における計算のイメージを見てみましょう。

【事例】所有期間が10年を超えるマイホームを売却した場合

項目	金額（円）
A. 収入金額（譲渡価額）	69,000,000
B. 取得費	35,913,660
C. 譲渡費用	2,373,000
D. 譲渡益 (A – B – C)	30,713,340
E. 居住用財産の3,000万円特別控除	30,000,000
F. 課税譲渡所得金額 (D – E)	713,340

この事例では、譲渡益が3,000万円を超えていますが、3,000万円特別控除により、課税対象となる譲渡所得は713,340円に圧縮されています。

さらに、所有期間が10年を超えているため、残りの課税所得713,340円に対して、10年超所有軽減税率の特例を適用できる可能性があります。

参照：国税庁ホームページタックスアンサー　No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例

8. よくある質問（FAQ形式）

Q1: NISA口座で利益が出た場合も確定申告が必要ですか？

A1: NISA（少額投資非課税制度）は恒久的な非課税制度のため、NISA口座内で生じた株式等の譲渡益や配当金は課税されず、確定申告も不要です。

Q2: 居住用財産の3,000万円特別控除と住宅ローン控除は併用できますか？

A2: 同じ年分の確定申告で併用することはできません。また、3,000万円控除を適用する年の前年、前々年、前々々年に、売却した自宅以外の居住用財産に住宅ローン控除を適用していた場合も、3,000万円控除は適用できません。どちらが有利か、慎重な判断が必要です。

Q3: 株式の特定口座（源泉徴収あり）を使っている場合でも、確定申告した方がいいのはどんな時ですか？

A3: 特定口座（源泉徴収あり）は原則申告不要ですが、以下のような場合は申告した方が有利になることがあります：

1. 譲渡損失が出た場合：損失を他の上場株式等の譲渡益や配当所得と損益通算したり、翌年以降に繰り越して控除（繰越控除）したりする場合。
2. 他の証券会社の特定口座や一般口座と損益通算する場合。
3. 所得が少なく、配当控除の適用を受ける場合（ただし、申告分離課税を選択すると配当控除は適用できなくなるため、所得額に応じて有利不利を判断する必要があります）。

9. まとめ

譲渡所得に関する税制は非常に複雑であり、不動産の売却や株式取引など、人生の大きな節目で関わることが多い分野です。制度を正しく理解し、特例を最大限に活用することが、あなたの資産形成の鍵となります。

(1).制度改正

特例制度については、改正により、延長や変更が毎年のように行われております。最新の情報を確認するようにしましょう。

(2).譲渡前に確認すべきチェックリスト

1. 所有期間の確認：不動産の場合、譲渡した年の1月1日時点で5年超かどうかを確定する。
2. 取得費の資料確認：売買契約書、領収書など、取得費と譲渡費用を証明する書類を確実に探す。不明な場合は5%ルールも検討する。
3. 適用可能な特例の確認：3,000万円控除、軽減税率、買換え特例、空き家特例など、利用できる特例を洗い出す。
4. 申告の要否：特に特例を利用する場合、確定申告が必須となることを理解する。

(3).税理士に相談すべきタイミングとポイント

譲渡所得は、判断の複雑性や税額インパクトの大きさから、税理士への相談が強く推奨されます。

• 相談すべきタイミング

1. 資産の売却を検討し始めた段階（契約締結前）。
2. 複数の特例（例：3,000万円控除と買換え特例など）の併用可否や有利不利の判定に迷う場合。
3. M&Aや大規模な株式譲渡など、高額な取引を控えている場合。