医療法人における法人事業税の基本と優遇措置

法人事業税は、法人が営む事業に対して課される地方税であり、事務所や事業所が所在する都道府県に対して納付します。 株式会社などの普通法人とは異なり、医療法人（財団たる医療法人、持分の定めのない社団たる医療法人、持分のある医療法人などを含む）は、地方税法上「特別法人」として位置づけられており、いくつかの優遇措置が設けられています。

特別法人としての軽減税率

法人事業税は、所得金額に対して所定の税率を乗じて計算されます。医療法人は特別法人に該当するため、普通法人と比較して軽減された税率が適用されます。 東京都の税率は以下の通りです。都道府県によって税率が異なったり、超過税率が適用される場合があるため、必ず各自治体の条例を確認する必要があります。

所得の区分	普通法人の税率目安	医療法人(特別法人)の税率目安
年400万円以下の部分	約3.5%	約3.5%
年400万円超から800万円以下の部分	約5.3%	約4.9%
年800万円超の部分	約7.0%

このように、医療法人の場合は所得が800万円を超える部分であっても税率が跳ね上がらず、一定の軽減が図られています。

中間申告の不要と外形標準課税の対象外

普通法人の場合、前事業年度の確定法人税額等が一定額を超えるなどの要件を満たすと、事業年度の途中で中間申告および納付を行う義務が生じます。しかし、医療法人については、確定申告税額の大小にかかわらず、事業税の中間申告は不要とされています。

また、資本金が1億円を超える普通法人には、赤字であっても事業規模に応じて課税される「外形標準課税（付加価値割・資本割）」が適用されますが、医療法人は資本金や出資金の額にかかわらず、外形標準課税の適用対象外です。所得割のみで計算されるため、所得がマイナス（赤字）であれば法人事業税は発生しません。

社会保険診療報酬に係る非課税措置の原則

医療法人における法人事業税の最大の特徴は、地方税法第72条の23の規定により「社会保険診療に係る所得が非課税になる」という点です。 医療は国民の生命と健康に関わる極めて公共性の高い事業であるため、公的医療保険制度に基づく診療から得た利益については、地方税たる事業税を課さないという政策的な配慮がなされています。

非課税となる収入と課税される収入の区分

事業税を正しく計算するためには、日々の医業収益を「社会保険診療（非課税）」と「それ以外（課税）」に正確に区分経理しておくことが大前提となります。

非課税となる「社会保険診療に係る収入」の代表例は以下の通りです。
・健康保険法、国民健康保険法、後期高齢者医療の確保に関する法律などに基づく療養の給付（窓口での一部負担金も含みます）
・生活保護法に基づく医療扶助
・公務災害に基づく医療給付
・介護保険法に基づく一定の医療系サービス（訪問看護、訪問リハビリテーション、居宅療養管理指導など）

一方で、以下のような収入は「その他の収入」として法人事業税の課税対象となります。
・公的医療保険が適用されない自由診療（インプラント、歯列矯正、美容医療など）
・健康診断、人間ドック、予防接種の収入 ・診断書などの文書料収入
・自動車損害賠償責任保険（自賠責）による診療収入
・介護保険法に基づく福祉系サービス（通所介護、訪問介護など）
・歯ブラシなどの物品販売収入や、撤去冠（金属）の売却収入
・労働者災害補償保険法（労災）に基づく医療収入

非課税所得の計算方法：経費配分方式と所得配分方式

社会保険診療に係る収入とその他の収入が区分できたとして、次はその収入に対応する「経費」をどう分けるかが問題となります。非課税となるのは「収入」ではなく、収入から経費を差し引いた「所得」だからです。 計算方法には、原則である「経費配分方式」と、特例的な「所得配分方式」の2つが存在します。

経費配分方式

経費配分方式は、法令の定めに忠実な原則的な計算方法です。 この方式では、医院で発生したすべての経費を以下の3つに分類します。

1. 社会保険診療にのみ要した専属経費
2. その他の収入（自由診療など）にのみ要した専属経費
3. 双方に共通して発生した経費（家賃、水道光熱費、受付スタッフの人件費など）

そして、共通経費については、総収入金額に占める社会保険診療収入の割合などで按分し、それぞれの経費に振り分けます。
社会保険診療分の所得 ＝ 社会保険診療収入 － （社会保険診療の専属経費 ＋ 共通経費の按分額）

論理的で正確な所得が計算できますが、日々の膨大な経費領収書を一つひとつ「これは保険用」「これは自由診療用」と分類していくのは実務上極めて困難であり、事務負担が重すぎるという課題があります。

所得配分方式

経費配分方式の困難さを解消するため、現在多くの都道府県（東京都、大阪府、埼玉県など）で広く採用されているのが、簡便的な「所得配分方式」です。

所得配分方式では、経費を個別に区分する作業は行いません。法人税の計算上算出された医療保健業全体の所得（利益）を一括して把握し、それを収入金額の比率で機械的に按分して非課税所得を計算します。

課税標準となる所得金額 ＝ 総所得金額 － （課税基礎所得等 × 社会保険分の収入金額 ／ 医療保健業の総収入金額）

この計算式により、全体の利益のうち、社会保険診療収入の割合に対応する部分が非課税所得としてマイナスされ、残った部分が課税所得となります。 都道府県によっては、経費配分方式と所得配分方式の選択適用が認められている県（静岡県や山形県など）もあります。選択可能な場合は、経費の発生状況をシミュレーションし、法人に有利な（税額が少なくなる）方式を選ぶことが税理士の重要な役割となります。

概算経費の特例（措置法67条）を適用している場合

医療法人で、社会保険診療報酬が5,000万円以下などの要件を満たし、法人税の申告において「社会保険診療報酬の所得計算の特例（いわゆる四段階税制による概算経費）」の適用を受けている場合は、事業税の計算もこれに連動します。

この場合、多くの都道府県で「医療法人等に係る所得金額の計算書」の添付が不要とされています。ただし、地方税の第6号様式別表5への記載や、備考欄での特例適用法人である旨の表示、法人税別表十(七)等の添付が必要とされる取扱いがあるため、申告先都道府県の手引に従って手続を行う必要があります。

実務上の注意点：収入区分の落とし穴と繰越欠損金

法人事業税の計算において、単なる算数のミス以上に恐ろしいのが、制度に対する理解不足から生じる申告上のトラブルです。ここでは実務でよく問題となる2つの論点を解説します。

収入区分の落とし穴と消費税の取扱い

所得配分方式を採用する場合、収入を「社会保険診療」「その他の収入」に分けますが、さらに「計算の基礎としない収入金額（按分計算に含めない収入）」という区分が存在します。

例えば、受取配当等のうち法人税で益金不算入となるもの、一定の税還付金、減価償却資産売却収入のうち一定部分、固定資産取得等に係る一定の補助金などは、自治体手引上、按分計算の基礎に含めない取扱いが設けられていることがあります。反対に、補助金・支援金であっても除外されないものもあるため、名称だけで判断せず、申告先都道府県の手引で確認が必要です。

さらに留意すべきなのが「消費税」の扱いです。 医療法人が消費税の課税事業者であり、「税込経理方式」を採用している場合、自由診療などの課税売上には消費税が含まれています。しかし、事業税の按分計算を行う際には、この自由診療収入から消費税相当額を控除した純額で計算しなければなりません。そうしないと、消費税分だけ「その他の収入」が膨らんでしまい、結果的に事業税の課税所得が不当に大きく計算されてしまうからです。計算書上は、控除する消費税額をマイナス表示して調整することになります。

法人税と事業税における繰越欠損金（赤字）の違い

医療法人が赤字（欠損）を出した場合、青色申告であれば翌期以降にその赤字を繰り越して、将来の黒字と相殺することができます（繰越欠損金の控除）。 ここで注意しなければならないのは、「法人税の繰越欠損金」と「事業税の繰越欠損金」の金額が一致しなくなるという事実です。

法人税では、法人の全体の赤字額がそのまま繰越欠損金となります。 しかし事業税では、社会保険診療から生じた所得が非課税となるのと同様に、社会保険診療から生じた赤字も「なかったもの」として扱われます。つまり、事業税の翌期に繰り越せる欠損金は、全体の赤字から「非課税となる社会保険診療部分に相当する赤字」を除外した、残りの部分のみとなります。

このため、法人税の申告書ではまだ多額の繰越欠損金が残っていて税金がゼロであるにもかかわらず、事業税の申告書では繰越欠損金がすでに底をつき、事業税のみ納付が発生するという事態が起こり得ます。 特に経費配分方式を採用している場合、全体が赤字でも、自由診療部分だけを切り取ると黒字になっていて、その年に事業税の納税が発生するという矛盾のような現象も起きます。

まとめ

本日は、医療法人および歯科医療法人特有の法人事業税の非課税措置と、その所得計算について詳しく解説しました。

法人が得た利益に対して課税される事業税において、医療法人は特別法人としての軽減税率が適用されるだけでなく、社会保険診療に係る所得が非課税になるという非常に大きなメリットを享受しています。 しかし、その恩恵を正しく受けるためには、保険診療と自由診療の収入を的確に区分し、都道府県ごとのルールに従って「経費配分方式」あるいは「所得配分方式」による複雑な按分計算を行わなければなりません。 さらに、消費税の控除処理や、法人税と事業税における繰越欠損金の差異の管理など、税務の専門家としての高度な知見が随所に求められます。